ゲノム・遺伝情報を利用した医療、遺伝薬理学情報に基づいたテーラーメイド医療をはじめとした先端医療研究に対応できる高度な専門的知識と技術ならびにコミュニケーション能力をもち、患者・家族の立場を理解して新医療とのインターフェースとなりうる人材を総合的に養成しています。
遺伝医学専門基礎科目
「遺伝医療と倫理・社会」「基礎人類遺伝学」「臨床遺伝学・遺伝カウンセリング」「遺伝サービス情報学」等を徹底的・集中的に学ぶ（1年次前期）。
ゲノム科学関連専門科目
「ゲノム科学と医療」「医療倫理学各論」等において、次世代シークエンサ技術など、最新でさらに高度な専門領域や問題点を学ぶ（1年次前期・後期）。
遺伝カウンセラー特別科目
「遺伝カウンセラー コミュニケーション概論」において、遺伝カウンセラーに必要なコミュニケーション技術やカウンセリングスキルを学ぶ（1年次通年）。認定遺伝カウンセラーの到達目標として要求されている「態度レベル」「技術レベル」に関する内容となっている。
集中講義「遺伝医学特論」
医学部医学科学生と共に、遺伝医学の系統講義を集中して受講することにより、専門的知識・理解を再確認する（2年次春）。
演習科目
「ロールプレイ演習（臨床遺伝学演習）」「基礎人類遺伝学演習」において前期に学んだ基本を確実に習得する（1年次後期）。
遺伝カウンセリング合同カンファレンス「遺伝カウンセリング演習」
遺伝カウンセリングの場で行われている実際のケースについて学ぶ（2年間通年）。実習期院生は自らプレゼンテーションする。
遺伝カウンセリング実習
京都大学遺伝子診療部・家族性腫瘍外来・遺伝難聴外来、兵庫医科大学産科婦人科における遺伝カウンセリングに同席し、現場のクライアントに接すると共に実習記録をまとめ、カンファレンスで報告する（1年次後期以降）。特に、京都大学遺伝子診療部においては、その特性から極めて多彩かつ複雑な症例を経験することができ、高度な遺伝子医療・遺伝カウンセリングに接することとなる。
学会・セミナー参加
遺伝医学関連の学会やセミナーに積極的に参加する（2年間通年）。
単位互換科目
「遺伝医療と倫理・社会」「基礎人類遺伝学」「臨床遺伝学・遺伝カウンセリング」の授業を近畿大学遺伝カウンセラー養成課程の院生とともに1年次前期水曜日に集中して受講する。同じ目標を持つ院生により双方向的で活発な授業が行われている。
合同カンファレンス
両校合同科目と位置付けられており、京都大学・近畿大学の院生が実習で経験した症例の報告と討議を行う。
この分野でトップレベルの指導者が教員・スタッフとして専門的な教育・研究・診療にあたっている。
本コースの修了により、認定遺伝カウンセラー資格試験（認定遺伝カウンセラー制度委員会）の受験資格が与えられる。
遺伝医学・ゲノム科学・遺伝カウンセリングなど関連領域についての具体的な課題への取組である課題研究も遺伝カウンセラーコースの必須である。研究課題の探索・設定、方法や対象の検討、研究の実施、研究結果の解析・解釈、研究報告書の作成、研究のプレゼンテーションを経験し、具体的問題解決能力を向上させる。
社会健康学系専攻コア科目
5領域のコア科目履修は必修あるいは選択必修となっており、Public Healthの基本的素養を身につけることができる。
非医療系出身者科目
「医学基礎Ⅰ・Ⅱ」「臨床医学概論」を履修し、基本となる医学的知識や考え方を身につける。
社会健康学系専攻選択科目
極めて多数の選択科目が開講されており、院生の関心によって種々の専門分野の知識を身につけることができる。
Master of Public Health
コース修了者にはMPH「社会健康学修士（専門職）」が授与される。
博士後期課程への進学
遺伝カウンセラーコースの2年間終了後、博士後期課程に進学して専門領域のより深い研究課題を追及することができる。
京都大学大学院医学研究科社会健康医学系専攻は、日本で初めての「公衆衛生大学院（School of Public Health)」として、医学・医療と社会・個人・政策のインターフェースとなる新しい社会医学の学問領域を形成し、専門家を育成することを目的として、平成12年に設置された。この組織自体が、医学と社会の融合を目指しているものである。平成15年度からは「専門職大学院」として、高度専門職育成の方向性が明確にされた。より具体性を持った高度専門職が求められているのが現況である。
遺伝カウンセラーコースは医学研究科社会健康医学系専攻専門職学位課程の一つの特別コースである。社会健康医学系専攻では、コアカリキュラムとして、疫学、医療統計学、医療倫理学、行動科学、医学コミュニケーション学、環境衛生学、医薬政策・行政などの社会医学の基本となる講義を行っており、既に高い外部評価を受けているので、これらの受講により、基本的な社会医学知識をバックグラウンドとしたMaster of Public Health(MPH)をもつ遺伝カウンセラーを養成することを目指す。また、必要に応じて、種々の選択科目も利用する。
